Table 1 Selected CTL peptide epitopes and their scores
Database | Allele | Sequence | Start–End | Length (aa)c | MHC prediction | TAP prediction score | Combined prediction score | % Rank | Affinity (1-log50k) | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
HLAa | MHCb | HLA | MHC | HLA | MHC | HLA | MHC | HLA | MHC | HLA | MHC | ||||
NetCTLpan | HLA-A*02:01 | H-2-Db H-2-kb | YMISYAGMV (V1) | 189–198 | 9 | 0.861 |  | 0.539 |  | 0.95325 |  | 0.4 |  |  |  |
HLA-A*02:01 | H-2-Db H-2-kb | YTVILTNPI (V2) | 396–404 | 9 | 0.394 |  | 0.712 |  | 0.6235 |  | 3 |  |  |  | |
HLA-A*02:01 | H-2-Db H-2-kb | IQAANVSAL (V3) | 519–527 | 9 | 0.441 |  | 1.117 |  | 0.58019 |  | 4 |  |  |  | |
IEDB | HLA-A*02:01 | H-2-Db H-2-kb | YMISYAGMV (V1) | 189–198 | 9 | − 2.16 | − 1.98 | 0.24 | 0.23 | − 0.96 | − 0.86 |  |  |  |  |
HLA-A*02:01 | H-2-Db H-2-kb | YTVILTNPI (V2) | 396–404 | 9 | − 2.65 | − 2.48 | 0.31 | 0.31 | − 1.57 | − 1.26 |  |  |  |  | |
HLA-A*02:01 | H-2-Db /H-2-kb | IQAANVSAL (V3) | 519–527 | 9 | − 2.6 | − 2.04 | 0.49 | 0.49 | − 0.85 | − 0.29 |  |  |  |  | |
NetMHC 4.0 | HLA-A*02:01 | H-2-Db H-2-kb | YMISYAGMV (V1) | 189–198 | 9 |  |  | ` |  |  |  | 0.5 | 2 | 0.828 | 0.483 |
HLA-A*02:01 | H-2-Db H-2-kb | YTVILTNPI (V2) | 396–404 | 9 |  |  |  |  |  |  | 3 | 0.1 | 0.435 | 0.515 | |
HLA-A*02:01 | H-2-Db H-2-kb | IQAANVSAL (V3) | 519–527 | 9 |  |  |  |  |  |  | 3.5 | 0.12 | 0.4 | 0.499 | |
PickPocket 1.1 | HLA-A*02:01 | H-2-Db H-2-kb | YMISYAGMV (V1) | 189–198 | 9 |  |  |  |  |  |  |  |  | 0.796 | 0.413 |
HLA-A*02:01 | H-2-Db H-2-kb | YTVILTNPI (V2) | 396–404 | 9 |  |  |  |  |  |  |  |  | 0.434 | 0.407 | |
HLA-A*02:01 | H-2-Db H-2-kb | IQAANVSAL (V3) | 519–527 | 9 |  |  |  |  |  |  |  |  | 0.492 | 0.466 | |